《神秘博士第六季》中，博士带着艾米和罗里继续时空冒险。本季开场，博士在犹他州沙漠重生，随后发现自己被一个神秘组织“沉默者”盯上，他们似乎知晓博士的重大秘密。艾米生下女儿梅尔，却被“沉默者”带走。博士等人四处寻找梅尔，发现她被培养成了武器，拥有能杀死博士的能力。在一系列冒险里，博士还遇到了不同时空的自己，多个“博士”同框，引发诸多混乱与危机。同时，“沉默者”不断设局，让博士陷入绝境。最终，博士在一场大战中直面“沉默者”，揭开了关于自己命运的惊人真相，也在这个过程中经历了友情、亲情的考验，完成了自我救赎与成长。