《迷失第二季》延续第一季剧情，飞机失事后幸存的人们仍被困神秘荒岛。杰克、凯特、索耶等幸存者分成两派，一派留在海滩营地，另一派跟随约翰·洛克前往丛林探索神秘声响源头。在探索过程中，他们发现岛上存在神秘组织“其他人”，这些人会暗中观察并绑架幸存者。同时，海滩营地遭遇食物短缺、疾病等问题，内部矛盾也逐渐激化。关键转折是查理被“其他人”绑架，为救他，幸存者们不得不与“其他人”正面交锋。此外，岛上不断出现的神秘现象，如北极熊、神秘舱门等，让幸存者们的处境更加扑朔迷离。他们在荒岛上一边求生，一边试图揭开岛上的秘密，寻找离开的方法。