《薄樱鬼》以日本幕末为时代背景，聚焦新选组的故事。女主角雪村千鹤为寻找失踪的父亲来到京都，却意外卷入新选组与神秘组织的纷争中。她结识了新选组的众人，如冲田总司、斋藤一、土方岁三等人。新选组表面上维护京都治安，实则面临着来自各方的威胁，尤其是一种名为「鬼之血」的神秘力量。部分新选组成员因感染「鬼之血」获得强大力量，但也逐渐失去自我。冲田总司身患肺结核却依旧坚守岗位，在与敌人战斗的过程中病情不断加重。随着局势的发展，新选组内部也出现了矛盾与分歧。千鹤在这个动荡的时代中，与新选组众人一同经历了无数的战斗与生死离别，见证了新选组的兴衰，也在这个过程中逐渐成长。