在《末日孤舰第二季》中，主角汤姆·钱德勒舰长继续带领着驱逐舰“内森·詹姆斯”号上的船员在病毒肆虐的末日世界中求生。他们面临的首要任务是找到病毒的抗体并进行生产，以拯救人类。钱德勒与船员们一边在危险四伏的海域航行，一边还要应对各种外部威胁。 这一季中，他们遭遇了不同的势力。有敌对的海盗组织，时常对“内森·詹姆斯”号发起攻击；还有其他为了争夺资源和生存空间的人类群体。在一次行动中，船员们成功找到了抗体的生产基地，但却陷入了敌人的包围。关键时刻，钱德勒凭借着卓越的指挥能力和船员们顽强的战斗力突出重围。同时，船上的人际关系也在经历着变化，船员们在面对生死考验时，彼此的信任和情感更加深厚。随着剧情推进，他们能否成功生产出抗体，为人类带来生存的希望，成为了本季的关键看点。