《十二猴子第二季》承接前作，继续围绕着詹姆斯·柯林斯穿越时空阻止“十二猴子军团”释放致命病毒的主线展开。柯林斯在第一季成功穿越到2043年，第二季中他又被送回1996年，试图找到病毒起源的关键线索。他与来自未来的科学家凯西再度联手，同时还结识了新伙伴，如具有特殊能力的詹妮弗。然而，他们的行动并不顺利，“十二猴子军团”的阴谋愈发复杂。柯林斯发现自己的过去与这个神秘组织有着千丝万缕的联系，而时空穿越也带来一系列悖论和危险。在追查过程中，他们不断面临各种陷阱和挑战，每一次选择都可能改变未来。随着剧情推进，更多关于病毒和“十二猴子军团”的真相逐渐浮出水面，柯林斯能否在混乱的时空中找到阻止灾难的方法，成为本季的核心看点。