《大药坊》以民国时期的广东为背景，聚焦于医药世家杜氏药坊。杜参将药坊传给大儿子杜佳期，却引发了二儿子杜少川的不满，兄弟间矛盾渐生。杜佳期为人正直善良，一心传承和发扬药坊。他与妻子云开雅琴琴瑟和鸣，还结识了留学归来的医生沈曼青，三人在医药理念上有诸多交流。而杜少川心胸狭隘，为夺药坊不择手段，联合沈家大小姐沈君卓，设计陷害杜佳期。在家族纷争不断的同时，广州遭遇瘟疫，杜氏药坊面临巨大危机。杜佳期凭借精湛医术和高尚医德，带领众人研制出抗疫良药，拯救了无数百姓。最终，杜佳期化解了兄弟间的恩怨，杜氏药坊也在风雨中得以传承和发展，继续为百姓的健康保驾护航。