《机巧魔神第二季》延续前作剧情，主角夏目智春依旧身处充满机巧魔神的世界。他与拥有特殊能力的少女月夜见秋音等人，继续为守护世界而战。在这一季中，新的敌人不断涌现，他们背后有着神秘的组织操控，企图利用机巧魔神达成不可告人的目的。智春等人不仅要应对外部敌人的攻击，内部也面临着信任危机。秋音因自身能力的特殊，陷入了痛苦的挣扎，甚至与智春产生了矛盾。然而，在一次次战斗中，他们逐渐化解了误会，团队更加团结。随着战斗的深入，他们揭开了敌人背后更大的阴谋。最终，智春等人凭借着坚定的信念和强大的实力，成功阻止了阴谋的发生，守护了世界的和平，同时也让彼此的羁绊更加深厚。