在近未来世界，人类可以将身体机械化改造。草薙素子便是这样一位全身义体化的公安九课成员，拥有远超常人的战斗力和敏锐直觉。她所在的公安九课负责处理各类高科技犯罪。一次，他们遭遇了神秘黑客“傀儡师”，对方能轻易入侵他人电子脑，操纵人类如同傀儡。草薙素子开始追查“傀儡师”的踪迹，在调查过程中，她发现自己的身世似乎与“傀儡师”有着千丝万缕的联系。随着线索逐渐浮出水面，草薙素子面临着对自我存在意义的深刻质疑。她究竟是被制造出来执行任务的工具，还是拥有独立意识的个体？最终，草薙素子与“傀儡师”展开了一场关乎灵魂与意识的终极对决，也在这场对决中找到了关于自我的答案。