《奇迹少女》围绕少女玛丽娜展开。玛丽娜是个普通女孩，在巴黎过着平凡生活。然而，当城市遭遇邪恶势力威胁时，她获得了神奇力量，化身为奇迹少女。她与黑猫诺儿一起守护城市，对抗反派蝶王。蝶王能将普通人变成超级反派，给巴黎带来诸多危机。在一次次战斗中，奇迹少女和黑猫诺儿不仅要应对强大敌人，还要隐藏自己的真实身份。他们在学校是普通学生，有着各自的烦恼和情感故事。玛丽娜暗恋着同学艾俊，而艾俊正是黑猫诺儿的人类身份，两人在不知情的情况下产生了许多有趣又浪漫的互动。随着剧情推进，他们不断成长，逐渐揭开蝶王背后的秘密，努力拯救巴黎。