君九龄以九龄为核心展开故事。九龄本是公主，遭奸人谋害，兄长和驸马被杀，自己也坠崖假死。此后她化身君九龄，在方承宇帮助下隐姓埋名学医。在此期间，她结识了朱瓒，朱瓒被九龄的聪慧善良吸引，两人渐生情愫。九龄一边调查真相，一边用所学济世救人，在这个过程中，她发现了当年案件背后庞大的阴谋网络，涉及朝廷多方势力。随着调查深入，她与朱瓒等人携手对抗恶势力，不仅揪出了幕后黑手，还洗清了家族冤屈。最终，九龄与朱瓒收获爱情，也实现了自己的抱负，守护了一方百姓安宁。