《魔法少女奈叶As》承接前作，讲述了奈叶升入中学后，结识了新伙伴维塔、艾丽奥和扎菲拉。此时，神秘组织“圣石之种回收管理局”开始四处回收圣石之种，引发了一系列冲突。奈叶和好友菲特在调查中发现，圣石之种是由神秘少女昴制造的，而昴是为了拯救被石化的妹妹蒂安娜。随着战斗的深入，奈叶等人与圣石之种回收管理局产生了激烈对抗。在一场关键战斗中，奈叶和菲特面临强大对手，陷入困境，但她们凭借彼此的信任和强大魔法，最终突破难关。最终，奈叶等人帮助昴解除了妹妹的石化状态，圣石之种的危机也得以化解，她们在战斗中不仅提升了魔法能力，友谊也更加深厚。