在《少年骇客：全面进化第三季》中，少年本·坦尼森依旧凭借Omnitrix变身各种外星英雄守护世界。本和凯文、格文继续并肩作战，他们遭遇了更强大的敌人。比如邪恶的克隆人贝本，他拥有和本一样的变身能力，一心想要取代本。在一次战斗中，贝本偷走了Omnitrix的部分能量，导致本的变身能力受到限制，这让他们陷入了巨大危机。与此同时，神秘组织“进化人”也不断制造麻烦，他们企图利用外星科技统治地球。本和伙伴们不仅要应对外部敌人，内部也出现了矛盾。凯文因自身能力失控而陷入自我怀疑，甚至与本产生了分歧。但在关键时刻，他们总能放下隔阂，共同对抗邪恶。本在一次次战斗中不断成长，逐渐掌握了Omnitrix的更多能力，最终成功击败敌人，守护了地球的和平。