《飞天小女警2016第三季》延续了前作的风格，围绕花花、泡泡和毛毛三位小女警展开。本季中，小镇村依旧面临着各种邪恶势力的威胁。恶魔曼波卷土重来，他用自己的音乐控制市民，让小镇陷入混乱。小女警们迅速出击，花花凭借智慧制定作战计划，泡泡用可爱攻势分散敌人注意力，毛毛则以强大的武力正面迎敌。在与曼波的战斗中，小女警们也遇到了前所未有的困难，曼波的新招式让她们一时难以招架。但她们没有放弃，通过不断尝试新战术，最终成功破解曼波的音乐魔法，拯救了小镇。此外，本季还迎来了新反派——机械女巫，她制造出各种机械怪兽来破坏小镇，小女警们又将面临一场新的挑战。